La seconda guerra mondiale vede la partecipazione di numerosi carchittani, dislocati sui fronti: sovietico, albanese, greco. Complessivamente si ebbero quattordici caduti. Per il villaggio il momento più difficile coincide però con le fasi conclusive del conflitto, quando in seguito allo sbarco ad Anzio delle truppe alleate, l’intera zona dei Colli Albani, considerata di primaria importanza strategica, viene a trovarsi all’inizio del 1944, nell’epicentro dell’operarazione Shingle.
Sotto i Colli Albani, a due chilometri da Carchitti, passa infatti la via Casilina, principale difesa da Roma e quelle che presiedevano più a sud il tratto della difesa della linea Gustav intorno a Cassino. Per contrastare con maggiore efficacia l’avanzata alleata, i tedeschi avevano inoltre organizzato proprio a Colle di Fuori il loro quartiere generale, creando una fascia difensiva estesa alla valle sottostante che cadde con la presa di Roma nel giugno 1944. Per la costruzione di opere di difesa, nella zona si fece più volte ricorso con la forza alla popolazione civile: nel corso dei rastrellamenti, più di cento abitanti di Carchitti furono prelevati e portati a Velletri; gli anziani furono rilasciati la sera stessa, mentre i giovani vennero trasportati a Roma alla Cecchigiola e rilasciati il giorno dopo… intensi bombardamenti aerei e terrestri, che causarono gravi distruzioni a numerosi centri abitatvi come fu per Palestrina. A Carchitti la gente trovò rifugio presso le grotte della Mola e a Fontana Nova, mentre in paese più di trenta abitazioni furono distrutte; ci furono alcuni feriti e un morto. Nell’attraversare i castagneti una compagnia di soldati americani uscì allo scoperto in località Cimarello, non lontano dal casale di Messaselva, cadendo sotto il fuoco incrociato dei tedeschi appostati dietro le “macère”.
Fu una strage, a detta degli abitanti.